對制藥廢水污染的治理要求從源頭開始，因此對于制藥工業要求進行清潔生產，減少廢水的排放量和污染物量，此外，由于某些制藥廢水的生產工藝的特殊性，廢水中含有大量的可回收利用的物質，所以應盡量對其進行回收利用，然后再對廢水進行治理。

  污水處理設備生產廠對制藥廢水的治理，首先應加強物料回收和綜合利用。通過改革工藝過程以減少污染物的排放量，如發酵菌體的回收利用，提取用溶劑的回收，工藝用重金屬的回收等。對制藥廢水中的高濃度廢水，可考慮制取飼料酵母，采取綜合治理利用技術，既可創造經濟效益，又可降低50%左右的COD，如生產金霉素等抗菌素的廢水即可采用此方法。

  在各類工業廢水中，醫藥工業的特點是品種多，生產規模差別大，單位產品排放污水量大，廢水組成復雜廢水中污染物濃度高，含有大量有毒、有害物質，大抗菌素是微生物、植物、動物在其生命過程中產生(或利用化學、物理或生物方法)的化合物，具有在低濃度下選擇性地抑制或殺滅它種微生物或腫瘤細胞能力的化學物質，是人類控制感染性疾病，保障身體健康及防治動植物病害的重要藥物。到目前為止，世界上各國發表的天然抗菌素已達3000多種，臨床常用的約50多種。抗菌素的生產原料主要為糧食，在生產過程中，原料消耗大，只有少部分轉化為產品和作為供給微生物生命活動的物質，大部分仍留在廢水中。

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